Die 2. Staffel unterscheidet sich grundlegend von der 1. In der 1. Staffel waren die Haupthandlungsstränge die Flucht vor Manticore (Colonel Lydecker), die Zusammenarbeit mit Logan und die Suche nach ihren X5-Geschwistern. In der 2. Staffel hingegen ist die Existenz der Transgenos bekannt und sie leben in einem verseuchten Stadtteil. Die Menschen lehnen diese fremdartigen, künstlichen Lebewesen aber ab und eine negative Stimmung wird gegen sie geschürt. Max versucht, ihnen als ihre Anführerin ein normales gleichberechtigtes Leben in der Welt zu ermöglichen, wobei sie auch die, eigentlich unbeabsichtigten, Initiatoren hinter Manticore, eine Eugenikorganisation, welche schon von den alten Griechen gegründet wurde, bekämpfen muss.

Die 2. Staffel endet, ohne entscheidende Handlungsstränge aufzulösen. Am Ende sind fast alle Transgenos in einem Stadtviertel von einer Übermacht an Militär und Polizei eingeschlossen. Aus dieser Situation gibt es eigentlich kein Entkommen, allerdings wird auf einem Hausdach die Flagge der Transgenos gehisst. Es wird nicht aufgeklärt, was für ein mysteriöses Gen Max in sich trägt, das sie so einzigartig interessant für Manticore und die Zuchtsekte macht.